反滲透設備停運保護功能，由于生產的波動，反滲透設備不可避免地要經常停運，短期或長期停用時必須采取保護措施，不適當地處理會導致膜性能下降且不可恢復。

短期保存適用于停運15d以下的系統，可采用每1～3d低壓沖洗的方法來保護反滲透設備。實踐發現，水溫20℃以上時，反滲透設備中的水存放3d就會發臭變質，有大量**繁殖。因此，建議水溫高于20℃時，每2d或1d低壓沖洗，水溫低于20℃時，可以每3d低壓沖洗，每次沖洗完后需關閉凈水設備反滲透裝置上所有進出口閥門。

長期停用保護適用于停運15d以上的系統，這時必須用保護液(**劑)充入凈水設備反滲透裝置進行保護。常用**劑配方(復合膜)為甲醛10(質量分數)、異噻唑啉酮20mg/L、亞硫酸氫鈉1(質量分數)。